ورغم مرور آلاف السنين على هذه القصة المثيرة، إلا أن أطلال هذه المدينة لاتزال باقية في مكانها، حيث تعد موقعا أثرية مهما، هذا ما أكده حمادة قلاوي، مفتش آثار ملوي، وباحث في تاريخ تل العمارنة، حيث يقول: كانت هناك خلافات بين كهنة آمون بالأقصر ومملكة إخناتون بالمنيا، فقام كهنة آمون بهدم هذه المدينة وقتلوا من فيها، وبعض الذين كانوا يعيشون فيها لاذوا بالفرار، لكن كان هناك قتلى، ويُفترض أن نفرتيتي كانت مع العائلة المالكة، وأن نهاية نفرتيتي هي نفس نهاية الملك زوجها أخناتون وبناتها الستة، والحقيقة أنه بعد اعتداء كهنة طيبة على المدينة فقد اختفى إخناتون ومعها زوجها للأبد، ولا أحد يعلم، هل هربوا إلى مكان غير معلوم، فهناك أسئلة كثيرة: هل عادت العائلة المالكة إلى طيبة أي الأقصر مرة أخرى؟ مع العلم أنهم أتوا من طيبة ورفضوا العيش فيها، فكيف يمكنهم العودة إليها مرة أخرى خاصة في وجود كهنة آمون؟ وهناك أقوال ترى أنهم عادوا إلى أخميم وهم أهل نفرتيتي، لكن لا أحد يستطيع أن يجزم كيف كانت نهاية الملك إخناتون وزوجته نفرتيتي، أيضاً هل تم دفنهما في تل العمارنة، أم في الأقصر في مقابر وادي الملوك أم في مكان مجهول؟.. الجديد هو أن بعثة بلجيكية اكتشفت نقشاً يذكر اسم نفرتيتي والعام السادس عشر من عمر مملكة إخناتون في تل العمارنة، مما يعني أن نفرتيتي عاشت في المدينة حتى نهايتها وقابلت نفس المصير.